Строение циркуля. Структурные основы метилирования гистонов комплексом COMPASS: новые открытия в эпигенетической регуляции

Как убиквитинирование гистона H3B способствует метилированию гистона H4 комплексом COMPASS. Какова роль убиквитина в позиционировании COMPASS на нуклеосоме. Почему взаимодействие COMPASS с убиквитином важно для метилирования H4K4. Как структурные особенности COMPASS влияют на его функцию in vivo.

Содержание

Строение и функции комплекса COMPASS

Комплекс COMPASS (Complex of Proteins Associated with Set1) представляет собой многокомпонентный белковый комплекс, играющий ключевую роль в эпигенетической регуляции экспрессии генов. Основная функция COMPASS — метилирование лизина 4 гистона H4 (H4K4), что является важной посттрансляционной модификацией, влияющей на структуру хроматина и активность генов.

COMPASS состоит из шести субъединиц, включая каталитическую субъединицу Set1, обладающую метилтрансферазной активностью. Другие субъединицы (Swd1, Swd2, Swd3, Bre2 и Sdc1) выполняют регуляторные и структурные функции, обеспечивая правильное позиционирование комплекса на нуклеосоме и его эффективное функционирование.

Роль убиквитинирования гистона H3B в работе COMPASS

Исследование, проведенное Уорденом и коллегами, раскрыло ключевую роль убиквитинирования гистона H3B в функционировании комплекса COMPASS. С помощью криоэлектронной микроскопии ученые определили структуру COMPASS, связанного с нуклеосомой, содержащей убиквитинированный H3B.

Оказалось, что убиквитиновая метка на H3B служит своеобразным «якорем», позволяющим COMPASS правильно позиционироваться на нуклеосоме. Это взаимодействие стабилизирует комплекс и обеспечивает оптимальное расположение каталитического центра Set1 относительно N-концевого хвоста гистона H4, содержащего сайт метилирования K4.

Структурные изменения COMPASS при связывании с нуклеосомой

При связывании с убиквитинированной нуклеосомой комплекс COMPASS претерпевает ряд конформационных изменений:

Три субъединицы комплекса (Swd3, Spp1 и Sdc1) поворачиваются в сторону нуклеосомы, усиливая взаимодействие.

COMPASS формирует контакты с ДНК в трех различных точках на поверхности нуклеосомы.
Каталитическая субъединица Set1 смещается, занимая оптимальное положение для метилирования H4K4.

Эти структурные перестройки обеспечивают стабильное связывание COMPASS с нуклеосомой и создают условия для эффективного метилирования H4K4.

Механизм распознавания убиквитинированной нуклеосомы комплексом COMPASS

Исследование показало, что три субъединицы COMPASS (Swd2, Swd3 и Bre2) образуют поверхность, специфически взаимодействующую с убиквитиновой меткой на H3B. Это взаимодействие не только усиливает связывание COMPASS с нуклеосомой, но и обеспечивает правильную ориентацию комплекса относительно сайта метилирования на H4.

Такой механизм объясняет ранее обнаруженную зависимость метилирования H4K4 от убиквитинирования H3B. Убиквитиновая метка служит своеобразным «молекулярным переключателем», активирующим COMPASS и направляющим его к целевому сайту метилирования.

Функциональное значение структурных особенностей COMPASS

Для подтверждения функциональной значимости обнаруженных структурных особенностей COMPASS исследователи провели серию экспериментов in vivo. Они вносили мутации, нарушающие взаимодействие COMPASS с нуклеосомой или убиквитином на H3B, и наблюдали снижение уровня метилирования H4K4.

Эти результаты подтвердили, что структурные элементы, выявленные с помощью криоэлектронной микроскопии, действительно играют ключевую роль в функционировании COMPASS in vivo. Таким образом, исследование установило прямую связь между структурой комплекса и его биологической активностью.

Сравнение структур COMPASS в различных исследованиях

Сравнительный анализ структур COMPASS, полученных разными исследовательскими группами, выявил интересные закономерности:

Структуры COMPASS, связанного с убиквитинированными нуклеосомами, оказались практически идентичными во всех исследованиях.
Структуры комплекса, связанного с немодифицированными нуклеосомами, показали большее разнообразие конформаций.
В некоторых случаях COMPASS, связанный с немодифицированными нуклеосомами, был повернут в сторону от гистонового ядра.

Эти наблюдения подтверждают гипотезу о том, что убиквитинирование H3B стабилизирует COMPASS в оптимальном положении для метилирования H4K4.

Значение исследования для понимания эпигенетической регуляции

Результаты исследования Уордена и коллег вносят существенный вклад в понимание механизмов эпигенетической регуляции экспрессии генов. Они демонстрируют, как модификации разных гистонов (убиквитинирование H3B и метилирование H4K4) могут взаимодействовать и координировать активность генов.

Эти знания открывают новые перспективы для изучения эпигенетических процессов и могут иметь важное значение для разработки новых терапевтических подходов, направленных на коррекцию эпигенетических нарушений при различных заболеваниях.

Перспективы дальнейших исследований

Несмотря на значительный прогресс в понимании структуры и функций комплекса COMPASS, остается ряд вопросов, требующих дальнейшего изучения:

Как сила взаимодействия между COMPASS и убиквитинированной нуклеосомой влияет на эффективность метилирования H4K4?
Существуют ли другие факторы, регулирующие активность COMPASS in vivo?
Как динамика убиквитинирования/деубиквитинирования H3B влияет на активность COMPASS и экспрессию генов?
Каковы механизмы координации активности COMPASS с другими эпигенетическими модификаторами хроматина?

Ответы на эти вопросы помогут создать более полную картину эпигенетической регуляции и могут привести к разработке новых подходов в эпигенетической терапии.

Циркуль. Виды и конструкция. Применение и как выбрать.Особенности

Циркуль – узкоспециализированный инструмент для черчения правильных окружностей, также используемый для измерения расстояния или переноса длин при разметке. В основном применяется в геометрии, черчении, картографии.

Конструкция циркуля может отличаться в зависимости от его назначения. В самом распространенном варианте он состоит из 5 деталей:

Держатель.
Крепления штанг.
Штанги.
Иглы.
Насадки.

Держатель – это центральный элемент циркуля. Он представляет собой штырь с насечками, за который и осуществляется непосредственный захват инструмент во время работы. При прорисовке окружностей вращение циркулем выполняется за счет проворачивания держателя пальцами.

У циркуля 2 штанги, имеющие поворотный узел крепления к держателю. За счет этого возможно их разведение практически до 180 градусов. Увеличивая расстояние между штангами можно повышать радиус прорисовываемой окружности.

На конце штанг имеются наконечники. Один представляет собой иглу, а второй пишущую насадку. Первая может быть не снимаемой или заменяемой. Она менее острая, чем иголка для шитья. Задача иглы выступать точкой отсчета. Она ставится в центр будущей окружности и за счет остроты слегка погружается в поверхность. Это исключает ее сдвиг при проворачивании циркуля. В момент вращения пишущий наконечник чертит на поверхности идеальную окружность, начало которой и конец припадают на одну точку.

Пишущая насадка циркуля может представлять собой механизм крепления под установку грифеля диаметром 2 или 0,5 мм. Инструмент для школьников обычно предусматривает толстый грифель, так как он лучше переносит механическое давление. Тонкая насадка 0,5 мм более точная, она рисует четкую линию, что важно при выполнении чертежей. Также бывают циркули с зажимами, в которые можно вставить карандаш, шариковую ручку, рапидограф.

Конструкция циркуля предусматривает жесткий механизм фиксации положения штанг. Наличие в нем люфта привело бы к несовпадению начала и конца окружности. Нужно отметить, что такое случается при использовании дешевого инструмента, особенно при отсутствии должного опыта пользования циркулем.

Как пользоваться

В основном циркуль используют для рисования правильных окружностей, а также быстрой разметки отрезков одинаковой длины. В отличие от линейки шаблона с внутренними окружностями, он является регулируемым и более компактным.

Чтобы начертить циркулем круг определенного диаметра, необходима линейка. Требуется развести штанги инструмента настолько, чтобы расстояние между иголкой и пишущим грифелем составляло половину диаметра, то есть радиус. Затем иголка прижимается к поверхности в месте центра будущего круга. После этого нужно провернуть циркуль на 360 градусов, чтобы его пишущая насадка прочертила окружность.

В момент черчения необходимо держать инструмент строго за держатель. Давление на штанги не допускается, так как это может повлечь их сдвиг друг от друга. Как следствие правильная окружность не получится.

Также с помощью циркуля можно чертить равные отрезки. Нужно растянуть штанги инструмента так, чтобы расстояние между иголкой и пишущим наконечником было требуемым для переноса. К примеру, их можно установить в начале и конце отрезка, который необходимо скопировать. Чтобы перенести эти показатели, необходимо углубить иголку циркуля на новом месте и оставить на поверхности штрих пишущей насадкой. Далее эти точки соединяются линией, проведенной по линейке. Этот способ переноса расстояния очень точный, так как при его использовании отсутствует округление данных.

Это базовые приемы использования циркуля для черчения. Также существуют более сложные способы его применения. С помощью инструмента осуществляется измерения расстояний по картам, прокладка маршрутов и т.д.

В целом циркуль это рабочий инструмент для людей разных профессий:

Картографов.
Геологов.
Моряков.
Геодезистов.
Математиков.
Архитекторов.
Строителей.
Дизайнеров.

В каждой из профессий вариации использования циркуля различаются. Так, к примеру, капитаны судов могут использовать его для прокладки маршрутов, черчения радиуса поисковой или спасательной операции и т.д.

Виды циркулей

Как уже упоминалось раньше, конструкция циркуля может быть адаптирована под определенную специфику работы. Даже самый обычный инструмент для черчения предлагается в различных размерах. Так для детей младших классов производят циркули длиной 12 см. Их размера достаточно, чтобы чертить окружности в тетради. Для средней и старшей школы делают инструмент 12-14 см. Для выполнения черчения на ватманах производятся образцы 15 см и больше.

Кроме размера циркули отличаются по фактическому назначению. Для каждого из них делается свой вариант инструмента с отдельным названием.

Существуют следующие разновидности циркулей:

Чертежный.
Разметочный.
Кронциркуль для наружных измерений.
Кронциркуль для внутренних измерений.
Штангенциркуль.

Чертежный циркуль – это классический инструмент, на одном конце которого закрепляется игла, а на втором грифель или карандаш. Это самая выпускаемая модель, так как применяется каждым школьником для обучения на уроках геометрии и черчения.

Разметочный, также называют делительный и измерительный. Это инструмент, на конце штанг которого имеется по игле, то есть им невозможно выполнить черчение видимой окружности. Его применяют для переноса расстояния с чертежа на деталь. Острые иглы из закаленной стали циркуля хорошо царапают дерево и металлы. Этого достаточно, чтобы видеть края разметки. У этого инструмента нередко предусматривается фиксирующий винт. С его помощью можно закрепить штанги неподвижно, поэтому они не поменяют свое положение даже если уронить циркуль.

Кронциркуль для наружных измерений достаточно узнаваемый инструмент. Его особенность в характерных дугообразных штангах. Они также в большинстве случаев предусматривают наличие фиксирующего винта. Заостренные концы кронциркуля в сведенном положении штанг сомкнуты, при этом центральная часть ножек разведена. Это позволяет добраться инструментом, для измерения расстояния, в труднодоступные места. Кронциркуль просто фиксирует зазор или дистанцию между точками. После этого ее можно замерить линейкой, или просто перенести на заготовку. Этим инструментом пользуются слесари, также он традиционно применяется бондарями при изготовлении деревянных бочек.

Кронциркуль для внутренних измерений отличается от наружного тем, что оснащается ровными штангами, наконечники которых разведены в противоположную сторону относительно друг к другу. Этот инструмент используют для измерения ширины и диаметра пазов, отверстий и прочих углублений. С ним можно определить внутреннее сечение труб и т.д. Ножки кронциркуля помещаются внутрь и разводятся в стороны, пока не упрутся остриями в стенки углубления. Таким образом, получаются точные данные, которые невозможно замерить линейкой. Прибор может также оснащаться винтом для фиксации. Обычно его используют токари, фрезеровщики, автомеханики, слесари.

Штангенциркуль – это циркуль, вобравший в себя линейку, а также кронциркуль для внутренних и наружных измерений. Это очень точный инструмент, позволяющий измерять диаметры, наносить разметку, определять глубину отверстий и пазов, а также прочие расстояния. Штангенциркуль представляет собой металлическую линейку с неподвижной двусторонней губкой. Она выступает в качестве направляющей. По линейке двигается скользящая двусторонняя губка. Зажимая детали между большими губками, можно глядя на положение линейки определять их сечение. Меньшие применяются как кронциркуль для внутренних измерений. При скольжении подвижных губок из линейки выдвигается щуп, который можно применять для определения глубины пазов и отверстий. Погрешность инструмента составляет доли миллиметра. Нужно отметить, что губки штангенциркуля проходят закалку, поэтому ими можно царапать метки по металлу для переноса размера на заготовки.

Особенности выбора циркуля

Циркуль весьма точный инструмент, к качеству которого выставляются особенные требования. В частности это касается материала изготовления и точности подгонки его деталей. Действительно стоящий инструмент делается только из металла. Оправдано применение циркуля из пластика только для черчения. Дело в том, что тонкие штанги и шарнирный механизм их крепления весьма хрупки. Нередки случаи поломки такого инструмента просто за счет раздавливания в портфеле несколькими книгами. Также распространенная проблема срыв механизма разводки штанг. Как следствие они раздвигаются не сообща. Одна может остаться вертикальной, а вторая отодвигаться. Работать таким инструментом можно, но в таком случае его держатель располагается под уклоном, что мешает черчению.

Лучше всего, чтобы инструмент был изготовлен из нержавеющей стали, в крайнем случае из алюминия. В продаже встречается много циркулей из различных сплавов типа силумина, которые при механическом воздействии не гнуться, а ломаются на части. Желательно избегать такого инструмента.

Кроме материала, важно и качество изготовления циркуля. Стоит обращать внимание на наличие в нем люфтов. Их присутствие особенно плохо для инструмента, используемого для переноса размеров. Для черчения это не так страшно, особенно если он просто применяется в обучении.

Как правильно пользоваться циркулем: инструкция и техника безопасности

28.02.2023

Циркуль – это чертежный инструмент, предназначенный для построения ровных окружностей и дуг, а также измерения отрезков. Знакомство детей с циркулем начинается во втором классе, когда по программе проходят окружности.

Как собрать циркуль и как им пользоваться, нужно рассказать школьнику дома, а в классе учитель еще раз проведет инструктаж и сделает акцент на технике безопасности при использовании этого чертежного инструмента.

В начальной школе дети используют циркуль на уроках математики, в старших классах – на геометрии, географии, физике, черчении

Как собрать циркуль

Циркуль состоит из держателя и двух ножек. На конце одной ножки закрепляется игла, на конце второй – грифель. Игла и грифель фиксируются специальными закручивающимися зажимами. Ножки циркуля имеют поворотный узел крепления, их можно разводить на любую ширину, вплоть до 180°.

На рисунке показано, как устроен циркуль и какие фигуры можно чертить с его помощью

Также существуют ученические циркули, в которых вместо грифеля фиксируется простой карандаш. Он крепится к ножке специальным зажимом. Кроме карандаша может использоваться шариковая ручка или рапидограф.

Как использовать циркуль

Ниже представлен простой алгоритм, как начертить с помощью циркуля окружность:

Иголку и грифель циркуля выставляем на одном уровне.
Выбираем и обозначаем точкой центр будущей окружности.
С помощью линейки определяем необходимый радиус, отводим ножку с грифелем на отмеренное расстояние.
В центр окружности ставим ножку циркуля с иглой. Вращая инструмент и удерживая пальцами за головку, прорисовываем грифелем окружность.

Зная, как работать циркулем, можно создавать окружности и дуги разных радиусов. Кроме того, с помощью циркуля можно решать другие задачи:

Делить отрезки на равные части. Конечные точки отрезка нужно сделать центрами пересекающихся окружностей, а затем через точки пересечения этих окружностей провести линию по хорде. Точка пересечения этой линии и отрезка будет той самой точкой, которая делит отрезок пополам.
Строить треугольники с заданными сторонами. Отмеряем отрезок, равный одной из сторон треугольника, из его концов чертим окружности, радиус каждой из которых равен заданной длине стороны треугольника. Места их пересечения укажут на углы треугольника, останется лишь соединить эти точки прямыми линиями.
Измерять циркулем расстояния . Это действие осуществляется с помощью специального циркуля-измерителя с двумя иголками вместо грифеля. Он позволяет быстро и точно отмерить на чертеже равные расстояния, а также выполнить разметку почти незаметными засечками.

Для наглядности в школе также используются циркули для доски с резиновым наконечником вместо иглы и мелом вместо грифеля. Этот чертежный инструмент позволяет выполнять иллюстрации при объяснении материала и решать задачи у доски.

Циркуль для школьной доски может быть выполнен из дерева или пластика

Техника безопасности при работе с циркулем для детей

Знание простых норм безопасности поможет детям правильно пользоваться циркулем, не рискуя пораниться иголкой.

Технику, как безопасно пользоваться циркулем, обязательно поясняет учитель начальной школы.

Используйте циркуль только по назначению.
Передавайте инструмент только в закрытом состоянии, когда ножки соединены, головкой вперед.
Не держите циркуль концами вверх.
При работе аккуратно втыкайте иголку в нужное место. Подкладывай под бумагу картон, чтобы не повредить поверхность стола.
Не оставляйте инструмент раскрытым после использования.
По окончании работы убирайте циркуль в футляр.

В центре «Ректор» вы сможете купить циркули и другие инструменты для оснащения кабинета математики в школе по доступным ценам. Все товары имеют сертификаты соответствия и предназначены для использования в учебных заведениях.

Навигация по структуре COMPASS

Список журналов
электронная жизнь
PMC7039677

В качестве библиотеки NLM предоставляет доступ к научной литературе.

Включение в базу данных NLM не означает одобрения или согласия с содержание NLM или Национальных институтов здравоохранения. Узнайте больше о нашем отказе от ответственности.

электронная жизнь. 2020; 9: e54767.

Опубликовано в сети 24 февраля 2020 г. doi: 10.7554/eLife.54767

^{¹ ^{* и ¹ ^*}}

рио-электронная микроскопия показывает, как убиквитинирование способствует метилирование гистона h4 гистон-модифицирующим комплексом COMPASS.

Исследовательский организм: S. cerevisiae

Соответствующая исследовательская статья Worden EJ, Zhang X, Wolberger C. 2020. Структурная основа для распознавания COMPASS h3B-убиквитинированной нуклеосомы. электронная жизнь 9 :e53199. doi: 10.7554/eLife.53199

Хроматин упаковывает ДНК, оборачивая ее вокруг ядра, состоящего из восьми гистоновых белков, с образованием отдельных единиц, называемых нуклеосомами, которые могут храниться внутри ядра (Luger et al. , 1997). Каждое ядро содержит четыре различных типа гистонов, каждый из которых имеет гибкие расширения, называемые N-концевыми хвостами. Определенные модификации этих хвостов позволяют рекрутировать белки в нуклеосому, что может изменить структуру хроматина и сделать различные области ДНК более или менее доступными. В результате модификации гистонов регулируют многие генетические процессы, включая транскрипцию, репарацию ДНК и репликацию.

Одной из модификаций, которая особенно важна как для транскрипции, так и для репарации, является добавление метильных групп к остатку лизина, который находится внутри N-концевого хвоста гистона h4 (Kouzarides, 2007). У дрожжей метилирование этого остатка (также известного как h4K4) зависит от фермента Set1, который является частью белкового комплекса COMPASS (Miller et al., 2001). Предыдущая работа показала, что для привлечения COMPASS к нуклеосоме группа убиквитина должна быть присоединена к остатку лизина в другом гистоне, называемом h3B (Kim et al. , 2013). Однако этот остаток лизина находится далеко от N-концевого хвоста h4: так почему же COMPASS необходимо убиквитинировать h3B, чтобы метилировать эту область?

Открыть в отдельном окне

Как комплекс COMPASS связывается с нуклеосомой.

( A ) Комплекс COMPASS состоит из шести субъединиц, включая фермент Set1 (зеленый), который метилирует гистон h4. Когда COMPASS связывается с нуклеосомой (не показано), три ее субъединицы (Swd3, Spp1 и Sd1) слегка поворачиваются в сторону нуклеосомы (в направлении стрелки; исходное положение показано серым цветом). ( B ) Помимо вращения этих трех субъединиц, убиквитинирование гистона h3B (h3Bub; красный) позволяет COMPASS должным образом связываться с нуклеосомой и контактировать с ДНК (черный) в трех разных местах, включая два, которые находятся на противоположных концах. нуклеосомы (обозначены *). Вместе эти конформационные изменения помогают поместить N-концевой хвост гистона h4 (красная пунктирная линия) в активный сайт Set1, так что h4 может быть метилирован. ( C ) Сравнение комплексов COMPASS, которые связаны с убиквитинированными (цветная диаграмма) и неубиквитинированными нуклеосомами (светло-серая диаграмма), показало, что убиквитин позволяет COMPASS находиться в лучшем положении для метилирования N-концевого хвоста гистона h4.

Распространенным способом понять, как белки, модифицирующие гистоны, взаимодействуют с нуклеосомой, является определение их структуры с помощью криоэлектронной микроскопии (Zhou et al., 2019; Worden et al., 2019). Теперь в eLife Эван Уорден, Сянбин Чжан и Синтия Вольбергер из Медицинской школы Университета Джона Хопкинса сообщают, как они использовали эту технику, чтобы понять, как COMPASS распознает нуклеосомы, содержащие убиквитинированный h3B, и использует этот сайт для добавления метильной группы к гистону h4 (Worden et al. др., 2020).

Уорден и др. сотрудничал с другой исследовательской группой для разработки полусинтетического белка h3B с убитиновой цепью, присоединенной к правильному лизину (Morgan et al. , 2016). Затем команда использовала криоэлектронную микроскопию для создания структуры COMPASS с высоким разрешением из дрожжей, которая была связана с нуклеосомой, состоящей из полусинтетического гистонового белка. Это показало, что COMPASS охватывает всю поверхность нуклеосомы, устанавливая контакты с ДНК в трех различных местах, два из которых находятся на противоположных краях нуклеосомы.

Структура также показала, что COMPASS активно взаимодействует с гистоновым ядром, формируя себя на поверхности нуклеосомы в месте, где h3B связывается вместе с другим гистоном, называемым h3A. По сравнению со структурами изолированного COMPASS (Qu et al., 2018; Takahashi et al., 2011) было обнаружено, что три субъединицы в связанном комплексе поворачиваются в сторону нуклеосомы и усиливают это взаимодействие. Это вращение также немного сдвигает положение фермента Set1, так что он может принять хвост h4 и позволить произойти метилированию (1).

Уорден и др. обнаружили, что три субъединицы COMPASS объединяются, чтобы взаимодействовать с модификацией убиквитина, прикрепленной к кончику h3B. Это помогает сформировать более сильную связь между COMPASS и h3B и объясняет предпочтение убиквитинированных нуклеосом. Кроме того, это обширное взаимодействие позиционирует COMPASS так, что хвост h4 может достигать активного сайта ферментативной субъединицы Set1. Хотя хвост h4 неупорядочен, поскольку он выходит из плотно закрученной суперспирали ДНК, все же можно увидеть кончик хвоста, находящийся в активном центре COMPASS. Это говорит о том, что N-концевой хвост извивается снаружи нуклеосомы, чтобы достичь активного сайта (10). Это может предотвратить спонтанные конформационные изменения, которые обнажают участки ДНК (также известные как дыхание ДНК) и влияют на стабильность нуклеосомы.

Далее, Уорден и др. намеревались выяснить, влияют ли структурные особенности, которые, по прогнозам, важны для метилирования, in vivo. Они обнаружили, что введение мутаций, препятствующих взаимодействию COMPASS с нуклеосомой или нарушающих взаимодействие с цепями убиквитина на h3B, приводит к снижению метилирования h4K4. Эти результаты in vivo представляют собой почти идеальное совпадение со структурными данными и подтверждают эту недавно идентифицированную структуру COMPASS.

Другие исследовательские группы недавно определили структуры дополнительных комплексов COMPASS, включая человеческий комплекс COMPASS MLL1 и связанный с нуклеосомой комплекс из другого штамма дрожжей (Park et al., 2019; Сюэ и др., 2019 г.; Хсу и др., 2019). Из семи определенных структур COMPASS три, которые были связаны с убиквитинированными нуклеосомами, имели почти идентичные структуры. Остальные четыре структуры были связаны с немодифицированными нуклеосомами: в то время как две из структур имели конформацию, сходную с комплексами COMPASS, связанными с модифицированными нуклеосомами, в двух других структурах COMPASS был повернут в сторону от гистонового ядра.

Структурные различия между белками COMPASS, связанными с модифицированными и немодифицированными нуклеосомами, позволяют предположить, что убиквитинирование h3B (и дополнительные взаимодействия с COMPASS) стабилизирует комплекс в лучшем положении для стимуляции метилирования h4K4 (). Взятые вместе, эти результаты дают новое представление о том, как модификации разных гистонов могут работать вместе, чтобы регулировать экспрессию генов. Дальнейшая работа должна быть сосредоточена на том, как сила взаимодействия между COMPASS и убиквитинированной нуклеосомой влияет на метилирование h4K4.

•

Каролин Люгер работает на кафедре биохимии Университета Колорадо, Боулдер, США

•

Джонатан Маркерт работает на кафедре биохимии Университета Колорадо, Боулдер, США

Конкурирующие интересы не заявлены.

Hsu PL, Shi H, Leonen C, Kang J, Chatterjee C, Zheng N. Структурная основа зависимого от убиквитинирования метилирования h4K4 h3B с помощью COMPASS. Молекулярная клетка. 2019;76:712–723. doi: 10.1016/j.molcel.2019.10.013. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
Kim J, Kim JA, McGinty RK, Nguyen UT, Muir TW, Allis CD, Roeder RG. Домен n-SET в Set1 регулирует зависимое от убиквитилирования h3B метилирование h4K4. Молекулярная клетка. 2013;49:1121–1133. doi: 10.1016/j.molcel.2013.01.034. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
Кузаридес Т. Модификации хроматина и их функции. Клетка. 2007; 128: 693–705. doi: 10.1016/j.cell.2007.02.005. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]
Люгер К., Мэдер А.В., Ричмонд Р.К., Сарджент Д.Ф., Ричмонд Т.Дж. Кристаллическая структура ядра нуклеосомы при разрешении 2,8 Å. Природа. 1997; 389: 251–260. дои: 10.1038/38444. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
Miller T, Krogan NJ, Dover J, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Johnston M, Greenblatt JF, Shilatifard A. COMPASS: комплекс белков, связанных с тритораксом, родственным Белок домена SET. ПНАС. 2001;98:12902–12907. doi: 10.1073/pnas.231473398. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
Morgan MT, Haj-Yahya M, Ringel AE, Bandi P, Brik A, Wolberger C. Структурная основа деубиквитинирования гистонов h3B с помощью модуля SAGA DUB. Наука. 2016; 351:725–728. doi: 10.1126/science.aac5681. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
Park SH, Ayoub A, Lee Y-T, Xu J, Kim H, Zheng W, Zhang B, Sha L, An S, Zhang Y, Cianfrocco MA, Су М, Доу И, Чо У-С. Крио-ЭМ структура корового комплекса MLL1 человека, связанного с нуклеосомой. Связь с природой. 2019;10:5540 doi: 10.1038/s41467-019-13550-2. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
Qu Q, Takahashi YH, Yang Y, Hu H, Zhang Y, Brunzelle JS, Couture JF, Shilatifard A, Skiniotis G. Структура и конформационная динамика Гистон-метилтрансферазный комплекс COMPASS h4K4. Клетка. 2018;174:1117–1126. doi: 10.1016/j.cell.2018.07.020. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
Takahashi YH, Westfield GH, Oleskie AN, Trievel RC, Shilatifard A, Skiniotis G. Структурный анализ основного семейства гистоновых h4K4-метилаз COMPASS от дрожжей до человека . ПНАС. 2011;108:20526–20531. doi: 10.1073/pnas.1109360108. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
Worden EJ, Hoffmann NA, Hicks CW, Wolberger C. Механизм перекрестных помех между убиквитинированием h3B и метилированием h4 с помощью Dot1L. Клетка. 2019;176:1490–1501. doi: 10.1016/j.cell.2019.02.002. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
Worden EJ, Zhang X, Wolberger C. Структурная основа для распознавания COMPASS h3B-убиквитинированной нуклеосомы. электронная жизнь. 2020;9:e53199. doi: 10.7554/eLife.53199. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
Xue H, Yao T, Cao M, Zhu G, Li Y, Yuan G, Chen Y, Lei M, Huang J. Структурные основы распознавания и модификации нуклеосом метилтрансферазами MLL. Природа. 2019; 573: 445–449. doi: 10.1038/s41586-019-1528-1. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
Zhou K, Gaullier G, Luger K. Структура и динамика нуклеосом достигают совершеннолетия. Структурная и молекулярная биология природы. 2019;26:3–13. doi: 10.1038/s41594-018-0166-x. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

Статьи из eLife предоставлены здесь с разрешения eLife Sciences Publications, Ltd

Структура и содержимое файла compass.

yml | Compass

Compass использует файл конфигурации YAML, compass.yml , для управления деталями компонента с помощью конфигурации в виде кода (config as code). Давайте посмотрим на структуру и содержимое файла.

Имя файла

Файл конфигурации должен называться компас.yml .

Связь с компонентом

С каждым компонентом может быть связан только один файл compass.yml . Файл содержит уникальный идентификатор компонента, который связывает каждый файл с соответствующим компонентом.

Чтобы объявить несколько компонентов в одном репозитории, используйте несколько файлов compass.yml в отдельных подпапках.

Структура файла compass.yml

Файл compass.yml содержит пары ключ-значение, которые описывают детали компонента. 9Ключ 0126 представляет атрибут компонента, тогда как значение представляет фактическое значение этого атрибута в Compass.

Вот пример файла compass.yml , в котором объявлено лишь несколько сведений о компоненте типа службы:

  1
2 
 версия конфигурации: 1
имя: мой сервис
id: 'ari:cloud:compass:a0000000-b000-c000-d000-e00000000000:component/00000000-0000-0000-0000-000000000000/00000000-0000-0000-0000-0000000000000'
описание: Это пример компонента в Compass.
Идентификатор типа: СЕРВИС
идентификатор владельца: ноль
поля: {}
метки: []
ссылки: []
Настраиваемые поля: []
отношения: {}

Вот еще один образец структуры файла, в котором объявляются дополнительные сведения о том же компоненте:

  1
2 
 версия конфигурации: 1
имя: мой сервис
id: 'ari:cloud:compass:a0000000-b000-c000-d000-e00000000000:component/00000000-0000-0000-0000-000000000000/00000000-0000-0000-0000-0000000000000'
описание: Это пример компонента в Compass.
идентификатор владельца: 'ari:cloud:teams::team/00000000-0000-0000-0000-000000000000'
Идентификатор типа: СЕРВИС
поля:
  1-го уровня
  жизненный цикл: Активный
ссылки:
  - название: Мой проект Jira
    тип: ПРОЕКТ
    URL: 'https://www. example.com/projects/myproject'
  - название: Как пользоваться моим сервисом
    тип: ДОКУМЕНТ
    URL: 'https://www.example.com/user-guide/how+to+use+my+service'
  - имя: ноль
    тип: OTHER_LINK
    URL: 'https://www.example.com/resources/'
  - название: Сервисная панель
    тип: ПРИБОРНАЯ ПАНЕЛЬ
    URL-адрес: https://www.example.com/dashboards/service-dashboard.
  - имя: Сервисный репозиторий
    тип: РЕПОЗИТОРИЙ
    URL: 'https://www.example.com/repos/my-service-repo'
этикетки:
  - фу: бар
  - баз
Настраиваемые поля:
  - название: платформа
    тип: текст
    значение: сеть
  - название: проверено
    тип: логический
    значение: правда
отношения:
  ЗАВИСИТ ОТ:
    - 'ari:cloud:compass:00000000-0000-0000-0000-000000000000:component/00000000-0000-0000-0000-0000000000000/00000000-0000-0000-0000-00000000000'
    - 'ari:cloud:compass:00000000-0000-0000-0000-000000000000:component/00000000-0000-0000-0000-0000000000000/00000000-0000-0000-0000-00000000000'

Содержимое файла compass.

yml

Вот описание каждого атрибута в файле compass.yml :

Версия конфигурации (необязательно)
Единственная поддерживаемая версия на данный момент — 1 .
```
  1
2 
 версия конфигурации: 1
 
```
имя (обязательно)
Отображаемое имя компонента в Compass в виде простого текста. Имя не обязательно должно быть уникальным, но мы рекомендуем использовать уникальное имя, чтобы избежать путаницы между компонентами.
```
  1
2 
 имя: здесь идет название вашего компонента
 
```
идентификатор (обязательно)
Уникальный неизменяемый идентификатор компонента в Compass. Идентификатор id должен соответствовать существующему компоненту в вашем каталоге Compass. Узнайте, как найти компонент ID
id имеет следующий формат:
```
  1
2 
 id: 'ari:cloud:compass:00000000-0000-0000-0000-000000000000:component/00000000-0000-0000-0000-0000-000000000000/00000000-00000-00000-00000
 
```
Заключите все значение идентификатора id в одинарные кавычки.

описание (дополнительно)

Описание компонента в виде простого текста.

  1
2 
 описание: Здесь находится описание вашего компонента.

Чтобы указать многострочное описание, начните значение с |- и сделайте отступ для каждой строки описания:

  1
2 
 описание: |-
  Это многострочное описание.
  Вот вторая строчка.
  И третий.

Если у компонента нет описания, установите значение null :

  1
2 
 описание: ноль

идентификатор типа (необязательно)
Установите тип компонента с помощью поля typeId . Допустимые значения:
- ПРИМЕНЕНИЕ
- СЕРВИС
- ВОЗМОЖНОСТИ
- ОБЛАЧНЫЙ_РЕСУРС
- ТРУБОПРОВОД ДАННЫХ
- БИБЛИОТЕКА
- MACHINE_LEARNING_MODEL
- ДРУГОЕ
- UI_ELEMENT
- ВЕБ-САЙТ
Узнайте больше о типах компонентов.
идентификатор владельца (необязательно)
Уникальный идентификатор команды, владеющей компонентом. Если указано, ownerId должен соответствовать команде в вашей организации Atlassian. Узнайте, как найти идентификатор владельца команды
Идентификатор владельца имеет следующий формат:
```
  1
2 
 ownerId: 'ari:cloud:teams::team/00000000-0000-0000-0000-000000000000'
 
```
Заключите все значение ownerId в одинарные кавычки.
Если у компонента нет группы владельцев, установите значение null :
```
  1
2 
 идентификатор владельца: ноль
 
```
поля : ярус
Уровень службы компонента. Допустимые значения:
- 1 (высшая важность)
- 2
- 3
- 4 (самая низкая важность)
Гнездо ярус под поля , следующим образом:
```
  1
2 
 поля:
  уровень: 3
 
```
Или оставить полей пустыми.
```
  1
2 
 полей: {}
 
```
полей : жизненный цикл (необязательно)
Текущее состояние жизненного цикла компонента. Допустимые значения:
- Предварительная версия
- Активный
- Устарело
Nest жизненный цикл под полями , следующим образом:
```
  1
2 
 поля:
  жизненный цикл: Активный
 
```
Или оставить полей пустыми.
```
  1
2 
 полей: {}
 
```
ссылки (опционально)
Список ссылок на ресурсы компонента, такие как проект Jira, информационные панели, документация и т. д. Узнайте больше о доступных типах ссылок
Укажите каждую ссылку, используя следующие параметры:
- type (обязательно): Тип ссылки. Допустимые значения: ЧАТ_КАНАЛ ДОКУМЕНТ ПРИБОРНАЯ ПАНЕЛЬ ПО ВЫЗОВУ ПРОЕКТ ХРАНИЛИЩЕ OTHER_LINK
- URL-адрес (обязательно): фактический URL-адрес ссылки, начинающийся с http:// или https:// .
- имя (необязательно): Отображаемое имя ссылки в виде обычного текста, которое Compass будет отображать вместо url . Если вы опустите этот параметр или установите его равным null , Compass попытается разрешить URL и отображать его заголовок.
В файл compass.yml можно добавить несколько ссылок. См. следующий образец формата:
. 1 2 ссылки: - name: 'Моя документация' тип: ДОКУМЕНТ URL: 'https://www.example.com/document/' - имя: 'Мой репозиторий' тип: РЕПОЗИТОРИЙ URL-адрес: https://www.example.com/repo/. Если у компонента нет ссылок, оставьте список ссылок пустым. 1 2 ссылки: []

отношения : DEPENDS_ON (необязательно)

Список других компонентов, от которых зависит компонент. Подробнее о доступных типах зависимостей

Перечислите компоненты под номером DEPENDS_ON . Каждый элемент в списке должен соответствовать идентификатору компонента в вашем каталоге Compass. Узнайте, как найти компонент ID

Вот пример, показывающий взаимосвязь компонента с двумя другими компонентами:

  1
2 
 отношения:
  ЗАВИСИТ ОТ:
    - 'ari:cloud:compass:00000000-0000-0000-0000-000000000000:component/00000000-0000-0000-0000-000000000000/00000000-0000-0000-0000-000000000000'
    - 'ari:cloud:compass:00000000-0000-0000-0000-000000000000:component/11111111-0000-0000-0000-000000000000/00000000-0000-0000-0000-000000000000'

Если компонент не зависит ни от каких других компонентов, оставьте отношения пустыми.

 1
2 
 отношения: {}

customFields (необязательно) Список настраиваемых полей, для которых необходимо задать значения. Настраиваемые поля должны уже существовать на вашем сайте Compass, и вам необходимо указать имя и тип каждого поля с учетом регистра. Узнать больше о настраиваемых полях Укажите значение каждого настраиваемого поля для установки с помощью следующих параметров:
. type (обязательно): тип настраиваемого поля. Допустимые значения: текст логический номер пользователь значение (обязательно): значение, которое вы хотите установить для настраиваемого поля. Допустимые значения для каждого типа: текст : Строка. логическое значение : истина или ложь . номер : номер. пользователь : ARI пользователя Compass. имя (обязательно): имя настраиваемого поля (с учетом регистра). В файл compass.yml можно добавить несколько настраиваемых полей. См. следующий образец формата: . 1 2 пользовательских полей: - name: 'Дата последней проверки безопасности' тип: текст URL: '2023-03-09' - name: 'Требуется аудит?' тип: логический значение: ложь Если компонент не имеет настраиваемых полей, оставьте список пустым. 1 2 пользовательские поля: []
этикетки (дополнительно) Список меток для применения к компоненту. Каждая метка представляет собой строку.
В файл compass.yml можно добавить несколько меток. См. следующий образец формата:
. 1 2 этикетки: - "фу:бар" - "баз" Если у компонента нет меток, оставьте список пустым. 1 2 этикетки: []

`Проверка файла`

После фиксации файла compass.yml в репозитории Compass проверяет файл перед обработкой каких-либо обновлений.

Если файл compass.

Строение и функции комплекса COMPASS

Роль убиквитинирования гистона H3B в работе COMPASS

Структурные изменения COMPASS при связывании с нуклеосомой

Механизм распознавания убиквитинированной нуклеосомы комплексом COMPASS

Функциональное значение структурных особенностей COMPASS

Сравнение структур COMPASS в различных исследованиях

Значение исследования для понимания эпигенетической регуляции

Перспективы дальнейших исследований

Циркуль. Виды и конструкция. Применение и как выбрать.Особенности

Конструкция циркуля может отличаться в зависимости от его назначения. В самом распространенном варианте он состоит из 5 деталей:

В целом циркуль это рабочий инструмент для людей разных профессий:

Существуют следующие разновидности циркулей:

Похожие темы:

Как правильно пользоваться циркулем: инструкция и техника безопасности

Как собрать циркуль

Как использовать циркуль

Техника безопасности при работе с циркулем для детей

Навигация по структуре COMPASS

Структура и содержимое файла compass.

Имя файла

Связь с компонентом

Структура файла compass.yml

Содержимое файла compass.

`Проверка файла`

`Добавить комментарий Отменить ответ`

Строение и функции комплекса COMPASS

Роль убиквитинирования гистона H3B в работе COMPASS

Структурные изменения COMPASS при связывании с нуклеосомой

Механизм распознавания убиквитинированной нуклеосомы комплексом COMPASS

Функциональное значение структурных особенностей COMPASS

Сравнение структур COMPASS в различных исследованиях

Значение исследования для понимания эпигенетической регуляции

Перспективы дальнейших исследований

Циркуль. Виды и конструкция. Применение и как выбрать.Особенности

Конструкция циркуля может отличаться в зависимости от его назначения. В самом распространенном варианте он состоит из 5 деталей:

В целом циркуль это рабочий инструмент для людей разных профессий:

Существуют следующие разновидности циркулей:

Похожие темы:

Как правильно пользоваться циркулем: инструкция и техника безопасности

Как собрать циркуль

Как использовать циркуль

Техника безопасности при работе с циркулем для детей

Навигация по структуре COMPASS

Структура и содержимое файла compass.

Имя файла

Связь с компонентом

Структура файла compass.yml

Содержимое файла compass.

Проверка файла

Похожие записи

Особенности питания кормящей мамы: что можно и нельзя есть при грудном вскармливании

Новорожденный какает слизью: причины появления слизи в кале грудничка

Гемангиома у новорожденных: причины, виды, лечение и профилактика

Добавить комментарий Отменить ответ

`Проверка файла`

`Похожие записи`

`Особенности питания кормящей мамы: что можно и нельзя есть при грудном вскармливании`

`Новорожденный какает слизью: причины появления слизи в кале грудничка`

`Гемангиома у новорожденных: причины, виды, лечение и профилактика`

`Добавить комментарий Отменить ответ`